Scipy稀疏矩阵在余弦相似度方面的存储效率不高 - python

我正在尝试使用scipy稀疏矩阵实现余弦相似度,因为我在使用普通矩阵(非稀疏)时遇到内存错误。但是,我注意到稀疏和非稀疏矩阵的余弦相似度的内存大小(以字节为单位)在输入矩阵(观测值)的大小较大时几乎相同。我是在做错什么,还是有办法解决?这是输入的代码,其中5%为1,95%为0。

import numpy as np
from sklearn.metrics.pairwise import cosine_similarity
from scipy import sparse
A = np.random.rand(10000, 1000)<.05
A_sparse = sparse.csr_matrix(A)
similarities = cosine_similarity(A_sparse)

# output sparse matrices
similarities_sparse = cosine_similarity(A_sparse,dense_output=False)

print("1's percentage", np.count_nonzero(A)/np.size(A))
print('memory percentage', similarities_sparse.data.nbytes/similarities.data.nbytes)

一个符文的输出为:

1's percentage 0.0499615
memory percentage 0.91799018

参考方案

将@hpaulj的评论详细说明为答案:

您对cosine_similarity的两次调用都返回相同的基础数据。该余弦相似度矩阵通常不是零,因此使用稀疏格式不会节省空间。

大部分为零的输入数据不一定(或者甚至通常)会产生大多数为零的余弦相似度矩阵。如果矩阵的一对行(i,j)在同一列中均没有值,则余弦(i,j)= 0仅会发生(*)。

(*或如果点乘积否则为0,但这是这里的一个补充。)

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