我在具有两个阶段的计算群集(Slurm)上运行python脚本,它们是顺序的。我编写了两个python脚本,一个用于阶段1,另一个用于阶段2。每天早上,我检查所有第1阶段的工作是否都以视觉方式完成。只有这样,我才开始第二阶段。
通过在单个python脚本中组合所有阶段和作业管理,是否有一种更优雅/自动化的方法?我如何知道工作是否完成?
工作流程类似于以下内容:
while not job_list.all_complete():
for job in job_list:
if job.empty():
job.submit_stage1()
if job.complete_stage1():
job.submit_stage2()
sleep(60)
参考方案
您有几种行动方案:
使用Slurm Python API管理作业
使用作业依赖性(在sbatch man page中搜索--dependency
)
在完成时让阶段1的提交脚本提交阶段2的作业
使用工作流程管理系统,例如
烟花https://materialsproject.github.io/fireworks/
博斯科https://osg-bosco.github.io/docs/
口水管道https://github.com/acorg/slurm-pipeline
路易吉https://github.com/spotify/luigi
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