标签:snakemake

  • 如何立即将所有Snakemake作业提交到Slurm Cluster - python

    时间:2020-7-17

    我正在使用snakemake构建可在SLURM群集上运行的变体调用管道。集群具有登录节点和计算节点。任何真正的计算都应以srun或sbatch作业的形式在计算节点上完成。作业最多只能运行48小时。我的问题是,处理许多样本(尤其是在队列繁忙时)将花费48小时以上的时间来处理每个样本的所有规则。传统的snakemake群集执行使主线程运行,该主线程仅在所有规则的 […]