一种计算熊猫奇数比的更好方法 - python

我有一个数据帧counts1，看起来像：

Factor            w-statin  wo-statin
AgeGroups Cancer                     
0-5       No           108       6575
          Yes            0        223
11-15     No             5       3669
          Yes            1        143
16-20     No            28       6174
          Yes            1        395
21-25     No            80       8173
          Yes            2        624
26-30     No           110       9143
          Yes            2        968
30-35     No           171       9046
          Yes            5       1225
35-40     No           338       8883
          Yes           21       1475

我想计算比值比（w-他汀/ w-他汀）。我像纸上纸一样做旧样式：

counts1['sumwwoStatin']= counts1['w-statin']+counts1['wo-statin']

counts1['oddRatio']=((counts1['w-statin']/counts1['sumwwoStatin'])/(counts1['wo-statin']/counts1['sumwwoStatin']))

像R中一样，是否有更好的方法可以计算熊猫的赔率，相对风险，同质表和卡方检验？任何建议表示赞赏。哦，顺便说一句，我忘了提到我的csv样子：

    Frequency Cancer     Factor AgeGroups
0         223    Yes  wo-statin       0-5
1         112    Yes  wo-statin      6-10
2         143    Yes  wo-statin     11-15
3         395    Yes  wo-statin     16-20
4         624    Yes  wo-statin     21-25
5         968    Yes  wo-statin     26-30
6        1225    Yes  wo-statin     30-35
7        1475    Yes  wo-statin     35-40
8        2533    Yes  wo-statin     41-45
9        4268    Yes  wo-statin     46-50
10       5631    Yes  wo-statin     52-55
11       6656    Yes  wo-statin     56-60
12       7166    Yes  wo-statin     61-65
13       8573    Yes  wo-statin     66-70
14       8218    Yes  wo-statin     71-75
15       4614    Yes  wo-statin     76-80
16       1869    Yes  wo-statin     81-85
17        699    Yes  wo-statin     86-90
18        157    Yes  wo-statin     91-95
19         31    Yes  wo-statin    96-100
20          5    Yes  wo-statin      >100
21        108     No   w-statin       0-5
22          6     No   w-statin      6-10
23          5     No   w-statin     11-15
24         28     No   w-statin     16-20
25         80     No   w-statin     21-25
26        110     No   w-statin     26-30
27        171     No   w-statin     30-35
28        338     No   w-statin     35-40
29        782     No   w-statin     41-45
..

参考方案

除了基本矩（例如均值，方差，相关性等）外，AFAIK熊猫不提供统计计算和测试。

但是，您可以依靠scipy来满足此要求。您将在那里找到大部分所需的东西。例如，要计算优势比：

import scipy.stats as stats

table = df.groupby(level="Cancer").sum().values
print(table)

>>> array([[  840, 51663],
           [   32,  5053]])

oddsratio, pvalue = stats.fisher_exact(table)
print("OddsR: ", oddsratio, "p-Value:", pvalue)

>>> OddsR:  2.56743220487 p-Value: 2.72418938361e-09

有关更多信息，请参见here和here。

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